Étymologiquement, le mot "Varenne" évoque un lieu probablement proche de l'eau ("War" = eau).
Le vocable Saint-Pierre-aux-Liens indique que la paroisse date probablement de l'époque Gallo-Romaine ou mérovingienne.
Le nom de Varenne est cité en 976 comme "villa" dépendant du territoire de Briant.
L'église entièrement romane a été édifiée au début du XIIe siècle. D'après une charte clunisienne du XIe, on sait qu'un prieuré bénédictin fut établi en 1045 par saint-Odilon et qu'en 1094, l'église et prieuré furent donnés au monastère des dames de Marcigny.
Au XIVe l'église a probablement été fortifié, un étage crénelé est ajouté au clocher.
Au XVIe destruction probable des bâtiments du prieuré durant les guerres de religions.
Église à nef principale et deux bas-côtés, transept fortement saillant et abside en hémicycle.
Le pourtour de l'abside surmonté d'un cul de four est orné par une série de cinq arcades en plein cintre retombant sur des colonnettes à chapiteaux sculptés.
Dépourvue de fenêtres hautes au dessus des grandes arcades, la nef est dite obscure.
Le portail central est surmonté d'un tympan non sculpté, encadré par une archivolte à plusieurs voussures.
Le clocher de plan carré est situé au dessus de la croisée du transept. Il se compose de deux étages de baies cintrées simples à l'avant-dernier étage et de deux paires de baies géminées au dernier étage. Les baies géminées du dernier niveau sont séparées par des colonnettes doubles. Le clocher est surmonté d'un toit à quatre pans. L'étage supérieur a été refait au XIXe par l'architecte SELMERSHEIN.
Le tympan du portail sud représente l'agneau mystique, qui rappelle la filiation à Cluny. Il est surmonté d’un arc de décharge orné de cinq roses inscrites dans des cercles.