Le village est mentionné dès le IXème siècle dans un document de Charles III. Le 28 mars 944, Hugues, fils de Bermund, seigneur de Bouligneux et de Gisèle, signe l'acte de renonciation d'Adémar, vicomte de Lyon à ses prétentions sur Thoissey. En 949, Bermund et son fils Hugues cèdent le village de Bouligneux également à l'abbaye de Cluny sous certaines conditions.
Héraldique
Aucune armoirie n'était liée au nom de la commune de Bouligneux. En 1993, le conseil municipal décide de se doter d’armoiries. Il choisit de reprendre celles de la famille des La Palud qui ont été seigneurs des lieux pendant plus de 400 ans.
« De gueule à la croix d’hermines »
Histoire administrative
Département - 1801-2025 : Ain
Arrondissement - 1801-1926 : Trévoux --> 1926-2025 : Bourg-en-Bresse
L'église actuelle semble datée du XIIe ou XIIIe siècle. Deux chapelles formant transept ont été ajoutées ultérieurement.. La première au nord fondée en 1406, par Pierre de La PALUD, seigneur de Bouligneux, comme en témoigne encore la plaque de fondation. Une pierre tumulaire le représente ainsi que sa femme, Marguerite de MONTCHENU. La chapelle possède un calvaire du XVe siècle en pierre polychrome, quatre culs de lampe historiés représentant les quatre évangélistes, ainsi qu'une litre funéraire apposée lors du décès d’un seigneur de Bouligneux, et martelée à la Révolution (les traces d'effacement de onze blasons sont conservées).
La seconde chapelle date du XVIIe siècle. Elle comporte un autel tombeau XVIIIe en pierre rose. Le chœur, à chevet plat, a été réaménagé au XIXe et le mobilier qui l'équipe est de la même époque.
Des dégagements partiels ont permis de mettre à jour des peintures murales monumentales datant probablement des XIIIe ou XIVe siècle sur l'ensemble du chœur. La nef a été réaménagée au XIXe siècle. Un portail roman en permet l'accès à l'église. A l'extérieur, le clocher détruit à la Révolution, a été remonté partiellement vers 1830. Au haut des murs de la nef, court une corniche reposant sur ses modillons non historiés, inscrivant l'édifice dans l'époque romane.
Durant le XIXe un accès au clocher et une sacristie ont modifié le plan en croix latine d'origine.
Le mobilier d'église est principalement du XIXe siècle (Table de communion en fonte , bancs avec pieds en fonte, Chaire à prêcher partiellement en fonte, maître autel en fonte.)
Groupement paroissiale de Villars-les-Dombes (01) pour les communes de Birieux, Bouligneux, Lapeyrouse, Le Plantay, Marlieux, Saint-Marcel-en-Dombes, Saint-Paul-de-Varax, Saint-Germain-sur-Renon et Villars-les-Dombes